樟子松是乔木，高达25米，胸径达80厘米；大树树皮厚，树干下部灰褐色或黑褐色，深裂成不规则的鳞状块片脱落，上部树皮及枝皮黄色至褐黄色，内侧金黄色，裂成薄片脱落；枝斜展或平展，幼树树冠尖塔形，老则呈圆顶或平顶，树冠稀疏；一年生枝淡黄褐色，无毛，二、三年生长呈灰褐色；冬芽褐色或淡黄褐色，长卵圆形，有树脂。

雄球花圆柱状卵圆形，长5-10毫米，聚生新枝下部，长约3-6厘米；雌球花有短梗，淡紫褐色，当年生小球果长约1厘米，下垂。

种子黑褐色，长卵圆形或倒卵圆形，微扁，长4.5-5.5毫米，连翅长1.1-1.5厘米；子叶6-7枚，长1.3-2.4厘米；初生叶条形，长1.8-2.4厘米，上面有凹槽，边缘有较密的细锯齿，叶面上亦有疏生齿毛。花期5-6月，球果第二年9-10月成熟。

樟子松抗逆性强。据调查10年生油松曾受到松针锈病的危害，而相邻的樟子松受害较轻；对松梢螟危害与油松相比亦有较强的抵抗力；辽宁南部地区，赤松、油松均遭松干蚧危害，唯独樟子松未发现受害。

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